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根據(jù)《關于簡并增值稅稅率有關政策的通知》（財稅〔2017〕37號）（以下簡稱37號文）和國家稅務總局2017年第19號公告，從2017年7月1日開始執(zhí)行簡并后的增值稅稅率（8月1日開始申報）。
根據(jù)37號文中附件一中適用11%增值稅稅率貨物范圍注釋，農業(yè)產品具體征稅范圍繼續(xù)沿用財稅字〔1995〕52號及現(xiàn)行相關規(guī)定。 苗木類應屬于農業(yè)產品-植物類-園藝植物/林業(yè)植物/其他植物，因此其相關增值稅抵扣應屬于農產品增值稅抵扣的范疇。
一、納稅人銷售或進口苗木，稅率為11%。
二、納稅人購進苗木，按下列規(guī)定抵扣進項稅額：
納稅人取得一般納稅人開具的增值稅專用發(fā)票或海關進口增值稅專用繳款書的，以增值稅專用發(fā)票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額；
納稅人取得小規(guī)模納稅人（按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅）去稅務機關代開的增值稅專用發(fā)票的，以增值稅專用發(fā)票上注明的金額和11%的扣除率計算進項稅額；
納稅人取得苗木銷售發(fā)票或開具收購發(fā)票的，以苗木銷售發(fā)票或收購發(fā)票上注明的苗木買價和11%的扣除率計算進項稅額。
可抵扣進項稅額＝增值稅專用發(fā)票上注明的金額 (或苗木銷售發(fā)票或收購發(fā)票上注明的苗木買價)× 扣除率11%
建筑企業(yè)不適用：
營業(yè)稅改征增值稅試點期間，納稅人購進用于生產銷售或委托受托加工17%稅率貨物的農產品維持原扣除力度不變。主要看你銷售時的稅率，如果銷售時稅率是17%扣除率就是13%，銷售時稅率是11%，扣除數(shù)就是11%。
三、購進苗木抵扣進項稅額的扣稅憑證
（1）從生產環(huán)節(jié)購進苗木
農業(yè)生產者銷售自產的苗木免征增值稅，免稅貨物不得開具增值稅專用發(fā)票。購買方可以以苗木銷售發(fā)票或收購發(fā)票作為扣稅憑證抵扣進項稅額。苗木銷售發(fā)票是指農業(yè)生產者銷售自產苗木適用免征增值稅政策而開具的普通發(fā)票。
1、農業(yè)生產者是稅務登記戶，銷售時應向購買方開具苗木銷售發(fā)票。納稅人向已辦理稅務登記的農業(yè)生產者購買苗木取得農業(yè)生產者開具的普通發(fā)票時，最好在備注欄內或具體苗木名稱后注明“農業(yè)生產者自產”，避免抵扣進項稅額時產生不必要的麻煩；
2、農業(yè)生產者是農民個人，銷售時購買方應向農民個人開具苗木收購發(fā)票，或去稅務機關代開銷售發(fā)票，備注農業(yè)生產者自產；
3、購買方到外縣市收購農民個人的苗木，不能攜帶空白的收購發(fā)票到收購地開具，可以在收購后回機構所在地開具苗木收購發(fā)票郵寄給農民個人，也可以由農民個人到稅務機關代開普通發(fā)票。
（2）從批發(fā)零售環(huán)節(jié)購進苗木
1、如果批發(fā)零售商是增值稅一般納稅人，可以開具增值稅專用發(fā)票；
2、如果批發(fā)零售商是小規(guī)模納稅人，可以自行開具增值稅普通發(fā)票（不屬于苗木銷售發(fā)票，不可作為扣稅憑證）或去稅務機關代開增值稅專用發(fā)票。
一般納稅人從批發(fā)零售環(huán)節(jié)購進苗木，必須以銷售方自行開具或者申請稅務機關代開的增值稅專用發(fā)票作為扣稅憑證。
（3）進口苗木
納稅人進口苗木應以海關進口增值稅專用繳款書作為扣稅憑證。
重要說明
一、37號文對“銷售發(fā)票”的概念進行了重新界定。
根據(jù)36號文規(guī)定，購進農產品，除取得增值稅專用發(fā)票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票上注明的農產品買價和13%的扣除率計算的進項稅額。計算公式為：進項稅額=買價×扣除率。（買價，是指納稅人購進農產品在農產品收購發(fā)票或者銷售發(fā)票上注明的價款和按照規(guī)定繳納的煙葉稅。）財稅[2012]75號文規(guī)定，準予抵扣的農產品銷售發(fā)票，是指小規(guī)模納稅人銷售農產品依照3%征收率繳稅的普通發(fā)票。批發(fā)、零售納稅人免稅普通發(fā)票不得作為抵扣憑證。
37號文頒布以前，購進免稅苗木無法得到進項稅額抵扣。只有從小規(guī)模納稅人處購進應稅苗木，才可以按照增值稅普通發(fā)票上注明的價稅合計額和13%的扣除率計算抵扣進項稅額。
37號文頒布以后，購進免稅苗木可以憑取得或開具的銷售發(fā)票或收購發(fā)票抵扣進項稅額。同時，從小規(guī)模納稅人處購進應稅苗木，必須取得增值稅專用發(fā)票才可以進行抵扣。
舉例：
A公司從小規(guī)模納稅人處購進苗木（應稅），共支付價稅合計10300元，其進項稅額的抵扣區(qū)分四種情況。
取得發(fā)票時間2017年7月1日之后2017年7月1日之前取得發(fā)票類型取得專票取得普票取得專票取得普票可抵扣進項稅額10000×11%=1100010000×3%=30010300×13%=1339
取得發(fā)票時間
2017年7月1日之后
2017年7月1日之前
取得發(fā)票類型
取得專票
取得普票
取得專票
取得普票
可抵扣進項稅額
10000×11%=1100
10000×3%=300
10300×13%=1339
二、摒棄了價稅合計抵扣的方法，采用不含稅價計算抵扣。
舉例：
A公司2017年8月10日購進苗木，共支付11000元。進項稅額抵扣情況如下：
購進來源從一般納稅人處購進從小規(guī)模納稅人處購進取得發(fā)票類型苗木非自產苗木自產（免稅），取得普通發(fā)票苗木非自產苗木自產（免稅），取得普通發(fā)票專票普票專票普票可抵扣進項11000/（1+11%）×11%=1100011000×11%=122111000/（1+3%）×11%=1185011000×11%=1221
購進來源
從一般納稅人處購進
從小規(guī)模納稅人處購進
取得發(fā)票類型
苗木非自產
苗木自產（免稅），取得普通發(fā)票
苗木非自產
苗木自產（免稅），取得普通發(fā)票
專票
普票
專票
普票
可抵扣進項
11000/（1+11%）×11%=1100
11000×11%=1221
11000/（1+3%）×11%=1185
11000×11%=1221
計入的成本為價稅合計額減去可抵扣進項稅額。
三、開具收購發(fā)票時需要留存農民身份證明以及村級以上人民政府出具的自產自銷證明備查。農民專業(yè)合作社、農場以及農業(yè)開發(fā)公司等農業(yè)生產單位開具的自產免稅苗木銷售發(fā)票，初次購買時可以要求對方提供免稅備案表復印件證明是銷售自產免稅苗木。
各地稅務機關對于抵扣解釋不一，有些地區(qū)稅務局回復收購發(fā)票已經取消，銷售發(fā)票抵扣時需攜帶相關證明（農戶身份證，自產自銷證明）去稅務機關進行認證后方可抵扣。但對于購買應稅苗木取得的增值稅專用發(fā)票，一律可以抵扣。
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